天启七年的十月，中国北方大部分地方都是处在繁忙当中，九边在整军屯田，京军在整军，皇帝直属上十二卫也在整军，龙骧四卫也不例外。
经过半月的行动，京军整编完成。京军定额十四万，实额三万五；后备军定额十四万，实额五万；合并编成七万五千禁军，编成五万千步军、两万骑兵、五千炮兵。
孙传庭整编完京军后，没有继续整编上十二卫，将禁军交由李邦华、曹文昭、卢象升等，由这几位继续整改上十二卫。朱由检知道孙老大人意思，也没怪，自己忙着考虑部队主将事，勉励了一番也就不在注意了，他现在重点在处理善后事宜。
京营淘汰的一万，剔除顽劣分子差不多有三千，这三千只得看新开的企业能吸收部分么，要不还是个隐患；余下的让厂、卫挑选完，剩下的编成辎重部队，派去修路了。
亲军上十二卫：是明朝时期负责护驾左右、护卫宫禁的皇帝侍卫禁军，这些军士都是通过精选以后经严格训练而入选的身材健壮、武艺不凡的将士；由明朝开国皇帝朱元璋创立，永乐朝增设十卫，宣德朝又增设四卫，合计为二十六卫。
土木堡事变后，皇权与勋贵遭受重创。明末皇帝只掌管锦衣卫、及太监掌管的腾骧四卫；现在皇宫主要腾骧四卫负责安全、旗手卫负责仪仗等事物、府军前卫已被并入腾骧四卫，北京内外城是禁军各部轮流驻扎守卫。
朱由检知道这个事，但要借整编消掉这些名头，顺带整理个各卫所名下土地，在与龙骧四卫指挥使沟通后，他们对土地整改没意见。有啥意见，这些家伙在皇家商号都拿股份了，回头就回家清退出以前侵占的土地。
腾骧左卫指挥使马永贵和武骧左卫戴敬林想去禁军，剩下的两个指挥使刘锻和黄民辉愿意留下。
朱由检大喜，将上十二卫所所属各卫土地并入皇庄管理体系；朱由检限定退还侵占土地的日期，这次勋贵和文官老实了，乖乖的退了；
但几个卫的有些官员确不以为然，结果被血腥镇压。
内阁提出异议，朱由检无赖的说：“上十二卫什么时候成兵部管辖的了，朕怎么不知道啊！京军你们要管，户部拿钱来就可以，两百万拿回来给内库。”
经过这插曲后，文官也不敢说了，要管就出钱；没钱就闭嘴。
经过整改，朱由检将腾骧四卫改为殿前直军，扩编到四万人，下辖：龙凤四卫、上直卫、旗手卫、经历司等机构，即“六卫一司”。
殿前直军都指挥使：曹边蛟；都指挥同知：刘文钰、黄民辉；都指挥佥事是刘锻和卫时冬；
龙凤四卫：龙腾卫、龙骧卫、凤腾卫、凤骧卫
龙腾卫、龙骧卫为甲等卫9500人，其它两卫为乙等卫8500人，合计36000人。
甲等编制：下辖八个步兵千户各1000人、一个骑兵千户1000人、一个直属副千户500人；
乙第编制：下辖八个步兵千户各1000人、一个直属副千户500人。
人员配置：龙腾卫指挥使：刘文钰（王府百户）；龙骧卫指挥使：刘锻；凤腾卫指挥使：黄民辉；凤骧卫指挥使：卫时冬（王府百户）。
上直卫：都指挥使直属卫，为皇室身边带刀侍卫，原府军前卫、锦衣卫大汉将军等职责；编制3500人，三个步兵千户。
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