这次暴力收租和刺杀山东巡抚**最终还是以失败告终，曹文诏在济南城外接到狼狈逃回的程奇瑜，掩护他撤退的东厂三十人损失了一半，连赵成都受了轻伤；曹文诏剿灭了来追之敌后，派了一个连去皇庄抓德王世子，自己带着五个连护着陈奇瑜回到济南城。
陈奇瑜回到巡抚衙门，又得知鲁王府旁支和山东都指挥所也有人也参与暴力收租，终于明白这是次联合反扑行动；他毫不犹豫的让禁军四镇接管了巡防营彻查巡防营的几位将官，并下令全城戒严；查封了德王府和鲁王府涉案支系府邸，从皇商、皇庄抽来商队护卫和“自卫队”组成“联防队”将鲁王府围了起来以免再出意外，做完这些后才与曹文诏、赵成及镇守太监四人联名上奏。
朱由检接到奏章彻底震怒了，顾忌正在举行的科举考试没有声张，只是将德王和鲁王秘密监控起来；对在山东两王府可没那么客气，下旨给陈奇瑜将德王府世子赐死，参与暴力收租的德王系、鲁王系皇族成员家与平民家家男丁斩首示众，涉案平民三族充军辽东。
科举顺利结束完后，又补发一道旨意：鲁王、德王不思皇恩，御下不严，暴力抗法；德王除爵、与妃幽禁凤阳，查抄德王府、收回奉地，剥夺德王系皇族称号及一切封地、玉碟除名，全族打散充边；查抄鲁王府、收回奉地，改封旅顺郡王，鲁王系全族称号及封地降三级、不足三级的贬为平民、玉碟留名，充军辽东。
同时还下了两道秘旨：一是经查证曲阜孔氏北宗为家奴在前元期所篡，证据确凿，德行有污，今革其圣师嫡传称号，贬为平民；封婺州孔氏南宗为正统，义正视听，承袭衍圣公爵位，奉田同亲王例；二是今衍圣公深明大义，奉公守法，潜心教化，与国有功，特赐奉田同亲王例。
陈奇瑜拿到这两个密旨如同烫手山芋，北孔传世不正传闻由来已久，读书人好面子没人去捅破而已；再说从老夫子传到明朝已上千年，经历无数战乱是不是正统谁说得清楚；如今皇帝要撕破脸皮不给衍圣公面子，逼其同意土改政策，做为臣子的就有点左右为难了。
最后还是忠君思想占了上风，于是陈奇瑜找来曹文诏商议如何处理这事；哪知从曹文诏那得知这曲阜孔家与“闻香教”及这次的暴力收租竟也有瓜葛，这下他不再犹豫了，坚定支持皇帝的做法。
两人随后商定由曹文诏以剿匪为名派一部禁军南下曲阜附近，陈奇瑜则以巡查山东为由到曲阜劝说衍圣公就范。
七月初，禁军三镇大部终于开到达济南
，随即以团为单位分驻扎各地剿匪；山东巡抚衙门不久宣布陈奇瑜开始巡视山东各地；七月上旬，曲阜衍圣公上奏请辞奉田，将多余私田分给孔氏家族成员，宣布支持朝廷土地改革，天下士族哗然失色才知大势已去。
朱由检对此行为投桃报李，以皇后及两个皇妃都怀有身孕为由，宣布特赐给衍圣公辽东土地十万亩做为感谢，天下士子无不欣喜万分。
七月下旬，内阁公布将陕西省分为陕西、甘肃两省，湖广分为湖南、湖北两省，南直隶分出泸州、凤阳、安庆等十二府建立安徽省，省会分别为西安、兰州、长沙、武汉、合肥，从南京六部中选拔部分官员到新的行省任职。
七月底，内阁颁布《大明关内土地持有法》，全面推行“三七收租”及关内土地持有限定，开始了最大范围的土地改革；云南、贵州、四川土司区暂不执行此项政策，云南沐王府地位特殊暂不执行土地限定政策；从皇庄和科学院抽调人在户部成“劝农司”，专门负责管理全国公田清理及指导农民种植农作物，推广玉米、番薯等高产农作物，各省也陆续成立了相应组织。
南下的军队在“山东抗租**”处理结束及曲阜孔府认同土改后并没调回北京，而是继续往前推进。
保定镇进入济南并入禁军第三镇，将在山东南部的两个旅分别调往南京整编，整编后在南京新成立由张可大任总兵的禁军第七镇，在合肥成立由第五旅旅长潘明任总兵的禁军第八镇；第二镇继续南下武汉，第六镇南下郑州；杨国柱部、满桂部和周遇吉部调回原驻地准备八月张家口的大会。
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